次氯酸水能杀灭各种微生物，包括细菌繁殖体、病毒、真菌、结核杆菌和抗力最强的细菌芽胞。有效氯含量为50mg/L的次氯酸水，在室温下对弯曲杆菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄球菌、MRSA、白癣菌、革兰氏阴性需氧杆菌的杀灭时间均小于15s；在40℃时，对黑曲霉菌、枯草菌黑色变种芽孢的杀灭时间小于30s。同样的室温条件下，有效氯含量50mg/L的次氯酸水15s即对流感病毒、诺如病毒灭活。