电子十二指肠镜广泛应用于肝、胆、胰系统疾病的诊断与治疗。诊断方面，如胆管结石、胆管狭窄和畸形、胆囊和胆囊管病变，以及疑难性腹痛的鉴别诊断。特别对于梗阻性黄疸的诊断有其独特的价值。胆胰疾病的内镜治疗，近年来应用于胆总管结石治疗的“口中取石术”，具有不用开刀、痛苦少，费用低等优点，现已成为发达国家或地区首选的治疗方法。除胆总管结石外，现已扩展到了急性重症胆管炎、胆源性胰腺炎、乳头括约肌狭窄等十几个病种，其技术也发展到乳头括约肌切开（EST）、网篮取石，网篮碎石、鼻胆管引流、内置管引流以及气囊和机械性胆管扩张术等。