1、通过重复性rTMS和不同频率的刺激，对大脑神经元和相关功能进行改善。这种通过改善电位对神经元进行调整的效果，是传统的电刺激和其它物理方法无法实现的。

　　2、TMS引起皮质较广泛的c-fos基因表达増加，近中线结构(纹状体、丘脑、扣带回、室旁核等)优为显著，在果松体、视网膜及调节生物节律区，有更敏感的转录因子CREB磷酸化形式表达增加。TMS引起的这种效应更明显。

　　3、MS可以通过不同的参数刺激，改变不同脑区的血流、代谢、兴奋性及内分泌功能发挥治疗作用。

　　4、高频率、高强度rTMS可产生兴奋性突触后电位总和，导致刺激区神经异常兴奋。低频刺激则相反，低频可抑制神经兴奋，通过双向调节大脑兴奋与抑制功能之间的平衡来治疗疾病。