1、高频率高强度rTMS，使神经兴奋增加，低频刺激的作用则相反。TMS通过神经内部的联系，双向调节大脑神经兴奋与抑制功能之间的平衡，产生长效影响。

　　2、TMS对神经递质和受体作用，生多巴胺（DA）5—羟色胺（5—HT）、谷氨酸增加，并调制受体的敏感性。

　　3、对基因表达的影响，TMS引起皮质较广泛的c—fos基因表达增加，转录因子CREB磷酸化、mRNA表达增加。

　　4、对脑血流、代谢、内分泌的影响，影响脑垂体、肾上腺轴的功能，使大脑应急能力增加。