洗肠机的工作原理是将专用一次性插肛器插入肛门5cm，通过电子计量泵在低压、恆温、恆速的情况下，将过滤纯净水反覆注入直肠、结肠内，再以虹吸原理将体内滞留在结肠直肠内的代谢产物、宿便、有害毒素排除体外；药液通过洗肠机可达升结肠的盲肠部，使药液充分吸收，达到治疗目的。通过洗肠机洗肠促进排便并不是简单的机械刺激，而是影响了一系列複杂的神经反射所致，结肠壁内有黏膜下神经丛、肌间神经丛，是结肠的“小型脑”。机械刺激引起肠腔黏膜神经冲动，通过黏膜下神经丛、肌间神经丛，引起近端肠管收缩，远端肠管扩张，驱使肠内容物向外移动。直肠充胀刺激的冲动传入到大脑，在大脑的参与下，产生排便反射。