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染色的机理是利用色素对比原理，让不能使胃粘膜着色的深蓝色的靛胭脂沉积于胃粘膜的皱襞沟纹与胃小凹间，使其显示出胃粘膜的凹凸变化及其立体结构。正常胃粘膜的小区清晰可见，胃底腺小区呈现为规则、厚、有光泽、带红色，幽门腺粘膜为不规则、薄、暗淡、带黄色。
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