肿瘤标志物检测：荧光免疫分析仪可用于检测血清或组织样本中的肿瘤标志物，如癌胚抗原（CEA）、前列腺特异抗原（PSA）、CA125等。这些标志物的检测有助于早期发现肿瘤、评估治疗效果和监测复发情况。

感染性疾病诊断：该技术可用于检测各种感染性疾病的病原体，例如艾滋病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等。通过检测患者血清或其他体液中的特定抗体或抗原，可以帮助医生进行感染病原体的诊断。

免疫系统疾病诊断：荧光免疫分析仪可用于检测自身免疫性疾病相关的抗体，如类风湿因子、抗核抗体等，有助于诊断风湿性疾病、系统性红斑狼疮等疾病。

药物浓度监测：在临床治疗中，该技术可用于监测药物在患者体内的浓度，如抗生素、抗癫痫药物等，以指导药物的使用和剂量调整。

生化指标检测：荧光免疫分析仪可用于测定血清中的生化指标，如肝功能指标（ALT、AST）、肾功能指标（肌酐、尿素氮）等，有助于评估患者的器官功能状态。

内分泌激素检测：用于检测甲状腺激素、肾上腺皮质激素、生长激素等内分泌激素水平，对于内分泌疾病的诊断和治疗具有重要意义。