免疫学诊断：利用细胞分选仪可以对患者的免疫细胞进行分析和分选，帮助诊断和监测免疫系统相关疾病，如自身免疫病、免疫缺陷病等。此外，通过对免疫细胞进行分选，也可以进行免疫疗法的研究和治疗监测。

癌症研究和治疗：在癌症研究中，细胞分选仪可用于从患者体液中分选出循环肿瘤细胞（CTCs），进行对肿瘤细胞的分析和研究。此外，细胞分选也可以用于分选和纯化用于免疫治疗的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）等。

干细胞治疗：在干细胞治疗中，细胞分选仪可以用于分选和纯化干细胞群，保证治疗所需的干细胞的纯度和活性。

血液疾病诊断：细胞分选仪可以用于血液细胞的分类和分选，帮助临床诊断和监测血液疾病，如白血病、淋巴瘤等。

器官移植：在器官移植过程中，细胞分选仪可以用于分选和纯化供体器官中的免疫细胞，减少移植后的免疫排斥反应。

临床试验：在临床试验中，细胞分选仪可以用于分选和纯化治疗药物所需的特定细胞类型，以确保临床试验的准确性和有效性。