过敏反应： 如果患者对手术切口保护套的材料中的任何成分存在过敏反应，如橡胶或乳胶过敏，那么使用手术切口保护套可能会引发过敏症状，如皮肤瘙痒、荨麻疹等。

皮肤损伤： 如果患者手术部位有严重的皮肤损伤、烧伤或溃疡等情况，使用手术切口保护套可能会加重皮肤损伤，或者影响伤口愈合。

感染： 如果患者手术部位已经感染，使用手术切口保护套可能会加重感染情况，因为手术切口保护套并不能治疗感染，反而可能导致细菌滋生。

手术切口位置不适合： 对于某些手术切口位置特殊或难以覆盖的情况，使用手术切口保护套可能会影响手术操作或导致手术失败。

缺乏适当的培训： 如果医护人员缺乏适当的培训和指导，可能会导致手术切口保护套的不正确使用，从而影响手术的无菌性和安全性。