病理学研究：在病理学中，包埋机用于固定、脱水和固化组织样本，以便于后续的切片、染色和显微镜观察，帮助诊断疾病。

科研实验：科研人员在细胞生物学、分子生物学、免疫学等领域中，通过包埋机处理组织样本，进行形态学、免疫组织化学、原位杂交等实验。

教学和培训：在医学教育中，包埋机是解剖学和病理学教学的重要工具，学生可以亲手操作，了解组织处理的全过程。

疾病研究：包埋机对于研究肿瘤学、遗传学、神经科学等领域的疾病发生机制，以及评估新药物或治疗方法的效果非常重要。

样本保存：长期保存生物样本，如冷冻切片或石蜡切片，可以作为未来研究的备份。

法医病理学：在法医学中，包埋机用于处理尸体样本，进行法医病理学分析。

生物材料研究：在生物材料科学中，包埋机用于制备组织工程支架或生物医用材料的模型。