癌症筛查：直肠镜可用于筛查结直肠癌和腺瘤，这两种疾病是消化系统癌症中最常见的两种。通过定期检查，可以早期发现和诊断，提高治疗成功率。

疾病诊断：直肠镜可以检测许多结肠和直肠疾病，包括结肠炎、结肠瘘、结肠梗阻、结肠癌、直肠癌、腺瘤、息肉、结肠多形性疾病（IBD）等。

治疗：直肠镜可以用于治疗某些结肠和直肠疾病，如息肉切除、黏膜取材（活检）、止血、瘘疮缝合、药物注入等。

疾病跟踪：直肠镜可以定期监测疾病的进展情况，如结肠炎、肠梗阻、息肉、肠瘘等。

疾病预防：直肠镜可用于预防结肠癌，通过定期检查，发现和移除息肉或其他可能发展为癌症的早期病变。

疾病筛查和治疗：直肠镜在儿童和婴儿中也有应用，如筛查和治疗新生儿便血症等。

其他应用：直肠镜在临床研究中也有应用，如对新药或治疗方法的临床试验。