样本处理：首先，将待测样本（如血液、尿液等）加入到分析仪中。样本通常需要经过预处理，如离心、稀释等，以去除杂质并调整样本的浓度。

试剂添加：然后，根据检测目标的不同，向样本中加入特定的试剂。这些试剂可能包括抗体、酶、底物、标记物等。

反应：在试剂的作用下，样本中的目标分子（如蛋白质、激素、病毒抗原等）与试剂发生特异性反应。例如，抗体与抗原结合形成免疫复合物，酶与底物反应生成可检测的产物等。

检测：反应完成后，生化免疫分析仪通过特定的检测方法（如光度法、荧光法、化学发光法、电化学法等）检测反应产物的信号。这些信号与样本中目标分子的浓度成正比。

数据处理：分析仪将检测到的信号转换为电信号，并通过内置的计算机系统进行数据处理和分析。根据预先设定的标准曲线或参考值，计算出样本中目标分子的浓度。

结果输出：最后，分析仪将分析结果以数字或图形的形式输出，供操作人员查看和分析。