差异蛋白表达分析：电泳仪用于癌症和疾病机制研究中的差异蛋白表达分析，帮助识别与癌症相关的生物标志物。例如，通过荧光差异双向凝胶电泳技术筛选肾透明细胞癌及癌旁正常肾组织差异表达蛋白质点，成功鉴定了多种蛋白质，其中一些为首次筛选出的肾癌差异表达蛋白。

肿瘤标记物的筛选：电泳技术用于寻找与癌症相关的肿瘤标记物，这对于癌症的临床诊断、药物治疗靶点的选择及预后监测非常重要。例如，在肾癌研究中，通过电泳技术筛选出的新差异表达蛋白有望成为肾癌分子生物学标记物。

癌症早期诊断：毛细管电泳（CE）和微芯片毛细管电泳（MCE）在癌症早期诊断中起着关键作用，它们可以对小样品进行快速有效的分离，非常适合分析复杂样品中的小分子和大分子生物标志物。

癌症治疗学研究：电泳技术在癌症治疗学研究中也有应用，例如通过CE/MCE平台进行的癌症生物标志物研究，这些平台可以构建成用于基因组学、蛋白质组学和代谢组学研究的多种平台，以发现生物标志物。

循环肿瘤细胞（CTC）的检测：介电电泳（DEP）作为一种独立于EpCAM、无标记的富集系统，可以仅根据稀有细胞的特定电特性来分离稀有细胞，这对于前列腺癌（PC）预后和诊断的潜在诊断工具非常重要。

基因突变检测：电泳仪结合Sanger测序用于肿瘤研究中癌症的基因分析，尤其是在检测体细胞突变方面非常重要。例如，SeqStudio基因分析仪上使用扩展版RAS试剂盒进行金标准Sanger测序，检测低频变异。

蛋白质组学研究：MALDI-TOF质谱结合电泳技术在蛋白质组学研究中用于鉴定肺癌细胞中的蛋白质，为非小细胞肺癌（NSCLC）早期诊治提供潜在的血清生物标志物。

癌症转移研究：电泳技术用于研究癌症细胞的侵袭转移，例如通过检测基质金属蛋白酶（MMP）的活性和表达量，研究泽泻醇B对4T1乳腺癌细胞侵袭转移的影响。