个体化医学检测：微阵列基因芯片技术可以用于快速鉴定病原体、检测遗传突变及基因表达，更早更方便地检测肿瘤基因标志，检测药物反应和代谢相关基因多态性来指导临床个体化治疗。

临床诊断：微阵列基因芯片可用于快速鉴定病原体、检测遗传突变及基因表达，例如在感染病原检测、血液筛检及疾病检测（如癌症、过敏原、性传播疾病、不孕症、慢性疾病等）中的应用。

药物开发：在新药开发中，微阵列芯片检测仪可以评估药物对靶标基因的作用和调节作用，筛选药物和剖析药理作用机制，加速新药的开发和研究。

食品安全检测：微阵列芯片检测仪可用于检测肉品、食品、饲料中是否含有瘦肉精、抗生素、三聚氰胺、重金属、农药等成分。

环境监测：微阵列芯片检测仪可以用于环境样本中病原体的快速检测，如在海关检验检疫中的应用。

生命科学研究：微阵列芯片检测仪在DNA甲基化检测和基因表达谱分析等领域有广泛应用。

生物信息学研究：通过微阵列芯片检测仪获取高通量的生物数据，配合基因组学、蛋白质组学等研究手段，从全局角度解析生物大分子、细胞和生物体系统的结构和功能。

传染性疾病检测：微阵列芯片检测仪可用于传染性疾病、食品安全、环境监测中病原体的快速检测。