蛋白质电泳仪的工作原理基于电场作用下蛋白质在凝胶介质中的迁移行为。具体来说，蛋白质样品被置于凝胶中，通过施加电压形成电场，使带电的蛋白质分子向正极或负极移动。由于不同蛋白质的电荷、分子量和构象存在差异，它们在电场中的迁移速度不同，从而实现分离。

在电泳过程中，蛋白质的电荷由其氨基酸侧链的解离状态决定，而迁移速率则主要受分子量和电荷的影响。例如，在SDS-PAGE中，蛋白质在SDS作用下变性并带负电，迁移速度主要取决于分子量。此外，凝胶的结构和性质也会影响蛋白质的迁移，如多糖基质的孔径大小和蛋白质与凝胶之间的相互作用。

电泳仪通常包括电极箱、凝胶槽和缓冲液系统，通过高压电源产生均匀的电场，使蛋白质在凝胶中按分子量大小分离。分离后的蛋白质条带可通过染色或检测系统进行可视化分析。