艾康免疫分析系统的核心工作原理依赖于抗原-抗体特异性结合的免疫反应，并通过不同的信号转换机制实现目标分析物的可视化或量化检测。在化学发光免疫分析（CLIA）平台（如iFlash系列）中，系统采用磁微粒分离技术和直接化学发光法。具体而言，包被有特异性捕获抗体的磁性微粒与样本中的目标抗原结合形成“固相抗体-抗原”复合物；随后加入标记有吖啶酯（Acridinium ester）等化学发光底物的检测抗体，形成“夹心”免疫复合物。在碱性过氧化氢环境下，吖啶酯发生氧化反应并释放光子，其发光强度与样本中目标物浓度呈正相关。系统内置的高灵敏度光电倍增管（PMT）实时采集光信号，并通过校准曲线将光子计数转换为浓度值。

在胶体金免疫层析平台（如Fluorecare® F1000）中，系统则基于侧向流动原理：样本滴加至加样区后，在毛细作用下沿硝酸纤维素膜迁移，首先与标记有荧光微球（如Eu³⁺螯合物）的检测抗体结合，随后在检测线（T线）处被固定化的捕获抗体截留，形成三明治结构；质控线（C线）用于验证层析过程的有效性。仪器通过激发光源（通常为365 nm紫外LED）照射检测区，激发荧光微球发射特定波长（如615 nm）的荧光信号，由CMOS传感器捕获并经算法校正背景干扰后输出定量结果。该方法虽灵敏度略低于CLIA，但具备操作简便、无需复杂前处理、适合POCT（即时检验）场景等优势。

无论采用何种技术路径，艾康系统均通过内置温控模块、精密移液系统及多通道光学检测单元，确保反应条件（如温度、时间、试剂比例）的高度一致性，从而提升检测的精密度（CV通常<10%）和准确性（回收率90%–110%）。