胶囊式内窥镜系统的主要临床应用聚焦于小肠疾病的诊断与评估，其核心适应症包括：不明原因消化道出血（OGIB）、疑似克罗恩病、小肠肿瘤筛查、遗传性息肉病综合征（如Peutz-Jeghers综合征）监测，以及乳糜泻的黏膜评估。根据美国胃肠病学会（ACG）指南，对于经胃镜与结肠镜检查阴性但仍存在隐匿性出血的患者，胶囊内镜是首选的小肠评估手段，其对活动性出血灶的检出率可达50%–70%，显著高于钡剂造影或CT小肠成像。在克罗恩病管理中，胶囊内镜可直观显示黏膜溃疡、狭窄、阿弗他病变等特征，用于疾病活动度评分（如Lewis评分）及治疗反应监测，尤其适用于儿童或无法耐受插管式小肠镜的患者。

除小肠外，专用胶囊已拓展至其他消化道节段。食管胶囊（如PillCam ESO）用于筛查Barrett食管、食管静脉曲张及嗜酸性食管炎，患者在吞服后保持直立位10–15分钟以延长食管停留时间；结肠胶囊（如PillCam colon 2）则用于结肠癌筛查或对传统结肠镜禁忌患者的替代检查，需配合口服促动力药与清肠准备。近年，胃部专用胶囊（如AnX Robot的Magnetic Capsule Endoscopy）结合体外磁控导航技术，实现胃腔内主动操控，提升胃底、胃角等盲区的观察质量。操作流程通常包括：检查前禁食8小时、穿戴天线背心与记录仪、吞服胶囊、自由活动8–12小时、返回医院下载数据。疗效评估依赖于图像质量评分（如CLEAN score）、病灶检出数量、诊断明确率及后续干预指导价值，多项RCT研究证实其在OGIB诊断中的敏感性优于CTE（89% vs. 67%）。