清肠机的临床应用主要集中于三大领域：术前肠道准备、功能性肠病辅助治疗及特殊人群的便秘管理。在结直肠外科手术前，传统口服聚乙二醇电解质散（PEG）常因口感差、腹胀明显导致患者依从性低。研究表明，采用清肠机进行机械清洗可显著缩短肠道准备时间（平均2–3小时 vs. 12–18小时），且清洁效果经Boston Bowel Preparation Scale（BBPS）评分验证不低于口服方案（BBPS ≥7分占比达85%以上），尤其适用于老年、吞咽困难或肾功能不全患者。

对于慢性功能性便秘（Rome IV诊断标准）及腹泻型肠易激综合征（IBS-D），清肠机作为行为疗法的补充，可通过清除肠腔内致敏物质（如胆汁酸、细菌代谢产物）减轻症状。一项纳入120例患者的随机对照试验（RCT）显示，每周2次、连续4周的结肠水疗可使便秘患者每周自发排便次数从1.2次增至4.5次（p<0.01），且Wexner便秘评分下降≥50%的比例达68%。然而，疗效维持时间有限，停疗后3个月内复发率约40%，提示需结合饮食调整与益生菌干预。

此外，在重症监护病房（ICU）中，清肠机被探索用于预防应激性溃疡相关出血及改善危重患者肠内营养耐受性。但此类应用仍属超说明书使用（off-label use），需严格评估禁忌症（如肠梗阻、中毒性巨结肠、严重心衰）。操作流程通常包括：患者左侧卧位→肛门指检排除禁忌→插入导管深度10–15cm→设定水温38℃、初始压力20mmHg→逐步增加至个体耐受阈值→完成3–5个循环→记录灌注总量与废液性状。疗效评估除症状评分外，还可结合腹部X线平片（观察粪便负荷）或结肠传输试验（Sitz marker test）进行客观量化。