疾病诊断：全自动免疫印迹仪可用于检测患者血清或其他生物样本中特定蛋白质的表达水平，从而帮助医生进行疾病的诊断，如癌症、自身免疫疾病、感染性疾病等。

药物治疗监测：在临床治疗过程中，全自动免疫印迹仪可以用于监测患者接受药物治疗后特定蛋白质的变化，评估治疗效果，指导后续治疗方案的调整。

疾病预后评估：通过检测特定蛋白质的表达水平，全自动免疫印迹仪可以帮助医生评估患者的疾病预后，预测疾病的发展趋势，为临床治疗提供依据。

药物开发与临床试验：在药物开发过程中，全自动免疫印迹仪可以用于评估候选药物对特定蛋白质的影响，筛选药物靶点，指导药物设计。同时，在临床试验中也可以利用免疫印迹技术监测药物的药效和安全性。

疾病机制研究：通过全自动免疫印迹仪对生物样本中蛋白质的表达进行定量分析，可以帮助科研人员深入研究疾病的发病机制，寻找潜在的治疗靶点。