胃肠多功能治疗仪的基本原理是基于胃肠起搏点的电节律活动可被外加的不同频率的电流所“驱动”，利用先进的电子技术，模拟正常的胃肠生物电信号选择适宜的起搏参数，通过体表贴敷电极，作用于胃肠起搏点，并使它产生“跟随谐振”效应，从而纠正异常的节律性收缩及推进运动，缓解或消除胃肠功能紊乱的症状，从而达到治疗的目的。传统的拟生物电信号为标准的方波或三角波，不能很好的模拟正常胃肠电信号，所以其对胃肠起搏点的刺激作用较弱，易产生适应性，起搏点作用单一且不持久。大鲸数码胃肠治疗仪基于“胃肠起搏”的基本理论，采用更加利于接受的合成电刺激信号，优化了起搏信号和参数，并加入中医的穴位电疗法。